基因表達(dá)數(shù)據(jù)批次效應(yīng)去除方法的研究進(jìn)展
作者：李颯; 趙毅強(qiáng) 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)國家重點實驗室; 北京100193
摘要：在組學(xué)和大數(shù)據(jù)時代,整合分析材料相同但時間、平臺、方法、技術(shù)和實驗室等不同批次的表達(dá)數(shù)據(jù)集將成為常態(tài)。但是,不同批次數(shù)據(jù)集由于非生物因素影響會產(chǎn)生批次效應(yīng),這種批次效應(yīng)可能會對試驗結(jié)果產(chǎn)生嚴(yán)重影響,甚至導(dǎo)致錯誤結(jié)論。本文介紹了幾種去除基因表達(dá)數(shù)據(jù)批次效應(yīng)的方法,包括ComBat方法、替代變量分析法、距離加權(quán)判別法和基于比值的方法等。通過前人研究和實例分析表明,ComBat方法是最好的去除基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集批次效應(yīng)的方法。這些結(jié)果將為多批次表達(dá)數(shù)據(jù)集的整合分析提供參考依據(jù)。
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南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報雜志
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