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黃條鰤線粒體全基因組測序及結構特征分析

作者:史寶; 柳學周; 劉永山; 張言祥; 高全義; 徐永江; 王濱; 姜燕; 宋雪松 青島海洋科學與技術試點國家實驗室海洋漁業(yè)科學與食物產出過程功能實驗室; 中國水產科學研究院黃海水產研究所; 山東青島266071; 上海海洋大學水產與生命學院; 上海201306; 大連富谷水產有限公司; 遼寧大連116400

摘要:通過二代測序、軟件拼接獲得中國黃海海域黃條鰤(Seriola aureovittata)線粒體基因組全序列。其序列全長為16609 bp,堿基組成分別為A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13條蛋白編碼基因, 22個tRNA基因, 2個rRNA 基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H鏈上編碼。黃條鰤線粒體基因組全序列與蛋白編碼基因的A+T含量分別為52.05%和51.085%,具有明顯的AT偏好性。線粒體基因中存在2個散在重復序列,分別位于NAD1基因序列正義鏈的中游和COX2基因序列反義鏈的上游。在其22個tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三葉草二級結構。黃條鰤線粒體基因組的蛋白編碼基因起止位點與密碼子除COX1、NAD5外,均與日本海域出產的黃條鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黃條鰤;兩者間存在一定的遺傳差異?;?8種隸屬于13屬的鲹科魚類線粒體基因組全序列構建系統(tǒng)發(fā)生樹,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黃條鰤、五條鰤(Seriola quinqueradiata)、高體鰤(Seriola dumerili)、長鰭鰤(Seriola rivoliana)同屬一近支,且黃條鰤與五條鰤親緣關系最近,與小甘鲹進化距離較遠。

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中國水產科學雜志

中國水產科學雜志, 月刊,本刊重視學術導向,堅持科學性、學術性、先進性、創(chuàng)新性,刊載內容涉及的欄目:研究論文、綜述等。于1994年經(jīng)新聞總署批準的正規(guī)刊物。

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